Vallo di Nera è sicuramente uno dei borghi più belli della regione umbria, Di origine romana, l'antico nome del borgo era Castrum Valli, e poteva significare sia "castello della valle" sia "castello del vallo", ossia luogo fortificato (vallum).
Vallo di Nera è un libero castello fondato grazie ad una concessione della città di Spoleto nel 1217, nei pressi un insediamento feudale preesistente denominato Flezano, sopra un colle a dominio di uno slargo della valle del Nera.
Il riferimento al fiume Nera è stato aggiunto dopo l'Unità d'Italia.

L'impianto urbano è assai compatto, caratterizzato da un nucleo originario circolare, su un poggio, con una strada anulare pianeggiante e ripide risalite verso il fulcro centrale costituito dalla piazza di S. Giovanni Battista. Gli si affiancano il borgo quattrocentesco di S. Maria, poi ricompreso nella seconda cerchia muraria, realizzata per includervi gli insediamenti monastici, e il successivo borgo cinque-seicentesco dei Casali, sorto lungo le diverse strade di accesso del paese, nel periodo di massima espansione demografica. Nella parte bassa del paese, per un'ampia breccia praticata nelle mura, si raggiunge la chiesa di Santa Maria, già di S. Francesco, dal tredicesimo secolo, con portale a ogiva sovrastato da una rosa. L'interno della chiesa di Santa Maria conserva la vasta decorazione a fresco di carattere votivo con molte immagini di Santi e della Madonna col Bambino dovuta ad artisti quattrocenteschi umbri dell'area spoletina tra cui il Maestro di Eggi e la sua scuola e marchigiani tra i quali Cola di Pietro.

Nella parte alta invece sorge la parrocchiale di S. Giovanni Battista costruita nei secoli tredicesimo e quattordicesimo (l'abside), ampliata e in parte ricostruita nel '500 (portale e rosone): nell'interno, l'abside è completamente ornata di affreschi di Jacopo Siculo (1536) ispirati alla decorazione absidale del Duomo di Spoleto.

E' anche una zona di particolare interesse naturalistico per la presenza di rare e particolari specie faunistiche e vegetative, come il lupo, l'aquila, l'istrice, il gatto selvatico, o come le orchidee selvatiche e le faggete secolari.